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听说你文章都已经投稿了,还不知道如何上传数据?

   日期:2024-12-11     作者:caijiyuan    caijiyuan   评论:0    移动:http://mip.tpjde.com/news/3311.html
核心提示:目前,高通量测序技术日渐成熟,也成为生命科学领域研究中的重要工具之一。获取样本,送公司测序,对测序数据进行分析,根据分析

目前,高通量测序技术日渐成熟,也成为生命科学领域研究中的重要工具之一。

听说你文章都已经投稿了,还不知道如何上传数据?

获取样本,送公司测序,对测序数据进行分析,根据分析结果进行实验验证并撰写文章,最后投稿,这也是当下常规的「套路」之一。

不过,在投稿前或者文章正式见刊前,我们是需要将测序的数据上传到国际公认的数据库,公开自己的数据,共享自己的数据。

那么,我们该如何上传自己的数据到公共数据库呢?

今天,小编就以上传高通量数据到 NCBI 为例进行讲解,毕竟 NCBI 是大家最常用的公共数据库。

NCBI 数据库的官网如下,该数据库包罗万象,不过今天我们仅仅关注其中的一个 --- GEO DataSets

(图片来源:网页截图)
 
如果想上传数据,可以直接按如下网址打开相应网页:
 
https://www.ncbi.nlmhttp://www.360doc.com/content/20/0517/17/geo/info/submission.html
 
打开之后,需要点击右上角的 Login 进行登录,如果之前大家没有注册过 NCBI 的账号,那么需要先注册,之后再登录。

(图片来源:网页截图)

 
登录之后,我们就可以根据提示来上传我们的数据了。
 
首先,根据数据类型,我们选择高通量测序数据

(图片来源:网页截图)
 
正式上传数据之前,有几个文件需要我们提前准备,下图红框中的三个文件是必须要提供的,否则将无法上传。

(图片来源:网页截图)
 
第一个文件是 metadata,可以在官网下载模版进行填写。这个文件就是来交代数据的一些基本信息的,比如样本来源,测序平台,文件名称,主要贡献者之类的。

(图片来源:网页截图)
 
第二个文件是 Processed data,这个是数据分析中的过程文件,可以是原始的 count 文件,也可以是标准化之后的矩阵文件。当然,也可以是其他的一些格式的文件,只要格式正确,文件准确,均可。

(图片来源:网页截图)
 
第三个需要准备的文件是原始文件,这个也就是测序公司给你的原始的测序数据文件,是没有经过任何处理的文件,通常是 fastq 文件。
 
(图片来源:网页截图)
 
以上三个文件准备好之后,把它们放到一个文件夹中,准备工作就算完成了,接下来就是上传文件了。

(图片来源:网页截图)
 
如果你已经登录,那么点击上图的 'Transfer Files' 之后,会看到以下界面。这里会给你提供两个非常重要的信息:
 
第一:你个人的文件存放目录

(图片来源:网页截图)
 
第二:host 地址,用户名及密码。这两个信息是非常重要的,在接下来的上传过程中是必须要用到的。

(图片来源:网页截图)
 
上传数据时,我们需要借助一些工具进行。在这里,我推荐 FileZilla Client 这个软件。因为该软件在多个系统均可安装运行,非常方便。
 
第一步:

下载安装 FileZilla Client 之后,打开该软件,首先填写上面我们提到的第二个重要信息,也就是 host 地址,用户名及密码,之后点击快速连接,这时我们会看到一个错误提示(下图红框部分),忽略该提示,进行下一步操作。

(图片来源:软件截图)

第二步:

在远程节点那一栏填上(下图红框部分)我们上文中提到的第一个重要信息:个人的文件存放目录。回车之后就进入了你在 NCBI 的个人目录中。
 
简单来说,左边是你本地电脑的目录及目录下的文件,右边是你在 NCBI 的目录文件。此时,将左边的文件直接拖拽到右侧,即可进行上传。但是,为了使你的上传过程比较顺利,下面有几个小技巧分享给大家。

(图片来源:软件截图)
 
技巧一:保存登录密码;

(图片来源:软件截图)
 
技巧二:保存设置好的节点,这样就可以避免每次登录都要输入节点、用户名及密码的麻烦了;

(图片来源:软件截图)
 
技巧三:设置远程节点,这也是为了避免重复输入到麻烦;

(图片来源:软件截图)
 
技巧四:打开软件,直接进行连接,方便又快捷。

(图片来源:软件截图)
 
数据上传结束之后,你需要告知 GEO 的工作人员,否则两周后你上传的数据就会自动删除。
 
之前,上传完数据之后需要给 GEO 的工作人员发邮件告知,而现在就比较简单了,点击下图的 'Notify GEO',然后在新的页面将你上传数据的目录写清楚,数据公开的期限等信息,提交就可以了。
 

提交成功之后,GEO 官网会给你发送一封邮件,告知你已经收到你的申请,工作人员会检查你上传的数据是否完整,格式是否正确等。

(图片来源:网页截图)
 
如果存在问题,工作人员会通过邮件告知你;如果数据没有问题,那么工作人员也会通过邮件告知你,并提供 GSE 号,这个号码也是你文章中所需要的。

(图片来源:网页截图)
 
最后,祝大家早发 paper 早毕业~
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