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PanCanSurvPlot (https://smuonco.shinyapps.io/PanCanSurvPlot/)
简介
一、PanCanSurvPlot与同类型生存分析工具相比的优势
1. 从纳入数据来看，PanCanSurvPlot在数据类型、数据集数量、癌种数量、生存信息数量上都具有明显的优势。PanCanSurvPlot纳入了约10万个基因(mRNAs, miRNAs, lncRNAs)，涵盖TCGA和GEO数据库共计215个肿瘤相关数据集，51种不同癌症种类，44243个样本，13种不同生存状态类型。而近年来在生存分析领域火爆的网页工具GEPIA2和OncoLnc仅提供来自TCGA的数据集，分别提供TCGA全部33个癌种（GEPIA2）和部分21个癌种（OncoLnc）。类似的热门工具Kaplan‒Meier Plotter仅支持对于mRNAs和miRNAs的生存分析，且纳入数据集数量有限。
2. 从生存分析功能来看，PanCanSurvPlot更具有其独特无可替代的优势：①提供基于最佳截断值的分组作图；②提供基于两种分组方式的log-rank检验和Cox回归分析的详细统计结果（HR, 95%CI, P value），呈现于一张清晰直观的汇总表格中；③满足出版要求的高质量清晰KM图和个性化的颜色自定义功能。
二、PanCanSurvPlot使用简介
首页：简洁的页面直观展示了PanCanSurvPlot的内容、设计思路与使用说明。用户可在首页获取最新的更新资讯。
绘图页面：通过三个简单的步骤，用户即可获得高清KM生存分析图。
①用户可通过检索快速选定目的基因。PanCanSurvPlot支持mRNAs，miRNAs和lncRNAs在内的近10万个基因。点击Analyze按钮后即可在几秒内获得该目的基因在所有癌种中的生存分析结果汇总表。
②汇总表格提供目的基因在所有癌种内的生存分析结果，提供2种生存分析算法（Kaplan-Meier log-rank检验和单因素Cox回归），2种分组方式（基于中位数分组，基于最佳截断值分组）。用户可在检索框内对癌种、数据集、平台、治疗方式、生存信息等进行自由筛选。统计结果（HR, 95%CI, P value）也可进行便捷排序。最后，用户可再点击最左侧的按钮选择分组方式进行绘图。
③获取并下载高清KM生存分析图。用户复核完选择的数据后，可点击Download按钮下载高清PDF图到本地电脑。左侧下拉框提供了对于配色方案和分组方式的便捷自定义功能。
④高清KM生存分析图展示。
Dataset页面：该页面整合了本网页工具所纳入的所有数据集信息。便捷的超链接可帮助用户快速跳转至指定数据集页面以进行后续研究。
about页面：用户可在此获取作者的联系方式，或通过留言板进行留言。详细的网页使用教程视频、常见问题与答复也在页面内完整提供。我们非常欢迎各位在使用后提供宝贵的反馈意见与建议。我们团队也会在PanCanSurvPlot未来的版本中持续保持更新，尽可能囊括更多更全面的肿瘤相关数据集，并提供更丰富的生存分析参数选项。未来我们团队计划在转录组外的领域，包括基因组学、蛋白组学、表观遗传组学等开展生存分析网页工具的研究，以期给生物医学工作者提供更全面广泛的生存分析帮助。
小结
编辑：杨泓 石盈
校审：罗鹏 林安琪
点击阅读原文，即可跳转至PanCanSurvPlot网页工具。